海洋對臺灣的重要性如此之大，如何維持永續經營是未來漁業發展的重要方向。從臺灣珊瑚與鯨豚的發展經驗，可知「保育」是必須面對與克服的難題。

　漁業屬於可再生性自然資源。理論上，若能有計畫、合理地運用與利用，將可以達到自然資源永續利用的目標。然而，由於各種需求不斷攀升，捕撈技術精進、環境的破壞污染、氣候變遷等問題，使得國際間的漁業資源已有迅速減少的趨勢。在臺灣，也有類似的課題需要處理解決。無論是前面所談的黑鮪魚、飛魚、烏魚等漁業資源，均需加強漁業資源保育。

　為了推動生態漁業，保育漁業資源，未來將逐步禁止或嚴格管制危害資源或破壞生態之漁業，包括、珊瑚、飛魚卵與鯨鯊。漁業資源保育工作，是為了促進我國漁業資源的合理開發及利用，以提高沿海以及近海的漁業生產力。政府為此付出了許多努力，除了著手劃設海洋保育區、規劃沿岸漁業資源保育區、加強漁業資源保護培育、提倡合理有效的漁業資源利用方式外，還經由投放人工魚礁改造漁場，以及放流種苗來培育資源，希望彌補自然生產量的不足。另外，政府還鼓勵國內生態旅遊式的觀光業積極加入，希望能讓臺灣的漁業資源經過休養後有機會再出發。目前還積極試驗開發少用的漁業資源，期望能由獵捕性的漁業經營方式，進入放牧性的栽培漁業型態，臺灣漁業資源的資源利用模式，能因此更符合自然保育與永續經營。保育漁業資源是臺灣未來漁業發展興衰的關鍵，以下介紹幾項臺灣珍貴的海洋資源，包括珊瑚、鯨豚的現今發展保育情形。

資料來源
台灣的自然資源與生態資料庫－農林漁牧
(行政院農業委員會林務局　發行、國立臺灣大學生物多樣性研究中心　製作)